Konflik internal di tubuh Pengurus Pusat Kesatuan Aksi Mahasiswa Muslim Indonesia (PP KAMMI) mencapai titik puncak setelah salah satu kubu melaporkan lawannya ke Polda Metro Jaya atas dugaan pemalsuan dokumen organisasi. Perseteruan antara Ketua Umum hasil Muktamar XIII, Ahmad Jundi Khalifatullah, dan mantan Sekretaris Jenderal, Muhammad Amri Akbar, telah memicu dualisme kepengurusan yang berlarut-larut.
Ketegangan mulai terasa setelah Rapat Koordinasi Nasional (Rakornas) I di Palembang pada Mei 2025. Sejumlah fungsionaris pusat dan kader daerah menyuarakan kekecewaan terhadap kepemimpinan Ahmad Jundi. Ia dituding melanggar AD/ART, termasuk mengubah narasi gerakan rakyat secara sepihak, tidak transparan dalam pengelolaan bantuan sosial, menerima pesanan aksi demonstrasi dengan massa bayaran, dan memecat Sekjen Muhammad Amri Akbar secara sepihak. Forum internal sempat menjatuhkan sanksi skorsing kepada Jundi, dan pada akhir Agustus 2025, sekelompok kader mendeklarasikan pembubaran kepengurusan PP KAMMI periode 2024–2026 di bawah pimpinannya.
Konflik ini kemudian membelah pucuk pimpinan organisasi menjadi dua kubu. Kubu Ahmad Jundi, melalui Rapat Pimpinan Nasional (Rapimnas) I pada awal September 2025, menegaskan bahwa PP KAMMI yang sah hanya satu, yaitu hasil Muktamar XIII di Mataram, NTB, dan mengklaim didukung mayoritas Pengurus Wilayah dan Pengurus Daerah. Sementara itu, Muhammad Amri Akbar yang tidak menerima pemecatannya mengklaim sebagai ketua umum yang sah dan memperlihatkan Surat Keputusan dari Kementerian Hukum dengan nomor AHU-0001590.AH.01.08 sebagai bukti legalitas.
Perpecahan di pusat berdampak hingga ke daerah. Pada 20 April 2026, acara Halalbihalal sekaligus pelantikan pengurus Keluarga Alumni KAMMI Sumatera Utara di Medan berakhir ricuh dan diwarnai aksi saling pukul. Bentrokan dipicu oleh protes kader daerah atas kehadiran pengurus pusat yang dianggap sebagai "penumpang gelap" di tengah konflik dualisme yang belum selesai.
Setelah mediasi internal menemui jalan buntu, konflik dibawa ke ranah hukum. PP KAMMI resmi melaporkan Muhammad Amri Akbar ke Polda Metro Jaya dengan nomor laporan STTLP/B/4537/VO/2026/SPKT tertanggal 24 Juni 2026. Laporan tersebut menyangkut dugaan pemalsuan dokumen organisasi. Pihak pelapor menegaskan bahwa posisi Amri Akbar telah diberhentikan secara resmi berdasarkan surat keputusan internal, sehingga segala tindakan atau klaim dokumen atas nama PP KAMMI yang dilakukan olehnya dianggap ilegal.
Hingga saat ini, kasus dualisme dan dugaan pemalsuan dokumen tersebut sepenuhnya diserahkan kepada aparat penegak hukum untuk memulihkan stabilitas organisasi.
